Le nom de la saison 2 se nomme " Digimon 02 " ou encore " Digimon zero two ". Le première épisode se passe 4 ans après la fin de la saison 1. Tai, Izzy et tous les autres ont grandis et la plupart sont au lycée. TK et sa mère ont déménagé et se retrouve dans la même classe que Kari. Ils ont tous les deux 12 ans à présent. Le digimonde est encore en danger et une nouvelle équipe de digisauveurs est désigné pour le sauver, cette équipe est composé de Davis, Cody, Yolei, TK et Kari. Leur ennemi est l'empereur des digimon, un humain voulant contrôler le digimonde ; il se sert de tours noires et d'anneaux maléfiques pour réduire les digimon en esclavage. Mais ce n'est pas tout, à cause des tours noires les digimon ne peuvent plus se digivolver au niveau Champion, Ultime et Mega.
Que vont-ils faire face à ça ? Et plus encore, il paraîtrait qu'il existe un autre ennemi qui menace de détruire le digimonde et le monde réel par la même occasion ? Les digisauveurs y arriveront-ils ?